XVI wieku biskup Carlo Bascapè zbudował nowy ołtarz główny, a w 1680 roku Benedetto Odescalchi odrestaurował tyburiumElement architektoniczny charakterystyczny dla średniowiecznej architektury lombardzkiej, rodzaj wewnętrznej kopuły zbudowanej z cegieł ułożonych poligonalnie i pokrytych z zewnątrz zadaszeniem w formie piramidy (według hasła tiburio w Treccani)., zwieńczając je latarnią. W XVIII wieku katedra była stopniowo restaurowana w stylu barokowym według projektu Benedetta Alfieri, zachowując jednak swoją pierwotną strukturę. Prace te zostały wstrzymane w 1792 roku, a wznowione w 1831 roku, wraz z objęciem władzy przez króla Sardynii Karola Alberta, w sprzyjającym ekonomicznie momencie. Zrealizowano wówczas nowe prezbiterium według projektu inżyniera Melchioniego. Nowy ołtarz główny zbudowany został w latach 1832–1836 według projektu architekta Alessandra Antonellego. Ze względu na swoją elegancję i giętkość linii zalicza się do najlepszych, neoklasycznych dzieł tego twórcy. Składa się z 377 bloków z marmuru z Werony, Carrary i Varallo. W sprawie jego dekoracji Antonelli kontaktował się z czołowymi rzeźbiarzami szkół mediolańskiej i rzymskiej, w tym duńskim rzeźbiarzem Bertelem Thorvaldsenem, autorem dwóch płaskorzeźb z aniołkami z brązu.