Wkrótce potem zadebiutował jako reżyser filmem Masażysta (2005), który przyniósł mu Złotego Lamparta w sekcji filmów wideo na MFF w Locarno. Kolejne projekty Mendozy również spotkały się z uznaniem na międzynarodowych festiwalach filmowych: realistyczny dramat o życiu w wielkomiejskich slumsach Proca (2007) zdobył Nagrodę Caligariego na 58. MFF w Berlinie, brutalny kryminał Kinatay (2009) wyróżniono nagrodą za reżyserię na 62. MFF w Cannes, a opowieść o losach bezdzietnej pary z wyspiarskiego plemienia Bajau Druga żona (2012) nagrodzono na 69. MFF w Wenecji.
Kolejny film Mendozy, Mama Rosa (2016), opowiadał o aresztowanej kobiecie prowadzącej kiosk w slumsach Manili i sprzedającej tam też narkotyki. Reżyser obnażył w nim powszechną korupcję, obłudę i brak empatii, a kreację głównej aktorki Jaclyn Jose wyróżniono nagrodą aktorską na 69. MFF w Cannes.
Jest pierwszym filipińskim reżyserem uhonorowanym przez Francję tytułem Kawalera Orderu Sztuki i Literatury. Szczyci się też tym, że jego filmy są w jego ojczyźnie wyświetlane w szkołach.