W 1985 roku okręt wziął udział w ćwiczeniach o kryptonimach Reda-85 i Barakuda-85. W 1987 roku „Czajka” uczestniczyła w operacji oczyszczania z min wód nieopodal Świnoujścia.
Od 6 do 18 czerwca 1995 roku jednostka (wraz z bliźniaczymi trałowcami OORP „Tukan”, „Flaming” i „Mewa”, okrętem podwodnym „Wilk” i okrętami rakietowymi „Hutnik” i „Metalowiec”) uczestniczyła w międzynarodowych ćwiczeniach sił morskich NATO Baltops ’95. W dniach 2–14 października 1995 roku okręt wziął udział w zorganizowanych przez marynarkę belgijską ćwiczeniach sił obrony przeciwminowej Sandy Coast (razem z trałowcami „Mewa” i „Rybitwa” oraz zbiornikowcem „Bałtyk”). Od 14 do 16 września 1996 roku ORP „Czajka” wraz z niszczycielami min: belgijskimi i oraz holenderskim oraz polskimi trałowcami „Flaming”, „Mewa” i „Śniardwy” uczestniczył w poszukiwaniu i niszczeniu min na torach wodnych w Zatoce Gdańskiej.