Ostatecznie uznano, że dokument jest niewiarygodny, dlatego Galileusza oskarżono o złamanie nakazu nauczania heliocentryzmu jako faktu.
Galileusz został wezwany do Rzymu, by stanąć przed sądem, w skład którego wchodzili naukowcy zajmujący się tą samą dziedziną nauki co Galileusz. On sam zamieszkał na koszt Stolicy Apostolskiej w pięciopokojowym mieszkaniu z widokiem na ogrody watykańskie oraz osobą posługującą. W trakcie czterodniowego przesłuchania przedstawił tylko jeden dowód, który miał potwierdzić teorię głoszącą, że to Ziemia krąży wokół Słońca. Był to argument o przypływach i odpływach, który został przez jego sędziów uznany za niewiarygodny. Poza tym argumentem nie potrafił podać żadnego innego (kolejne dowody eksperymentalne pojawiały się później, w miarę doskonalenia technik obserwacyjnych).
16 czerwca 1633 uznano, że Galileusz jest wysoko podejrzany o herezje – w rozumieniu natury dyscyplinarnej, czyli złamanie zakazu, a nie teologicznej lub doktrynalnej – gdyż nauczał heliocentryzmu jako faktu i zaprzeczał Pismu. Zgodnie z wcześniejszą groźbą Urbana VIII za czasów, w których był jeszcze kardynałem, Galileuszowi zakazano nauczania o heliocentryzmie.