Zyskał wówczas opinię sprawnego organizatora, dzięki czemu dowództwo akcji „Reinhardt” powierzyło mu kierowanie obozem zagłady w Treblince, gdy proces eksterminacji uległ tam załamaniu z powodu niekompetencji dotychczasowo komendanta, Irmfrieda Eberla. Wiosną 1943 roku został awansowany do stopnia Hauptsturmführera; w uzasadnieniu wniosku awansowego SS-Brigadeführer Globocnik uznał go za swojego „najlepszego komendanta obozu”. SS-Obersturmführer Franz Reichleitner – z pochodzenia Austriak, przed wybuchem wojny służył w Gestapo w Linzu. Podobnie jak Stangl był weteranem akcji T4 i pracował w ośrodku „eutanazji” na zamku Hartheim. We wrześniu 1942 roku zastąpił Stangla na stanowisku komendanta Sobiboru. Wiosną 1943 roku został awansowany do stopnia Hauptsturmführera. Funkcję komendanta pełnił do momentu likwidacji obozu jesienią 1943 roku. thumb|Karl Frenzel, kierownik obozu nr 1 thumb|Kurt Bolender, kierownik obozu III Ważniejsze funkcje kierownicze na terenie obozu pełnili: SS-Scharführer Gustav Wagner – z pochodzenia Austriak. Był weteranem akcji T4, podczas której pracował w ośrodkach „eutanazji” w Hartheim i Hadamarze. W Sobiborze służył od kwietnia 1942 roku do grudnia 1943 roku. W publikacjach poświęconych obozowi bywa określany mianem sierżanta kwatermistrza, szefa sztabu, a nawet zastępcy komendanta.