Granice administracyjne miasta wyznaczają: na północy ujście Ścinawki do Nysy Kłodzkiej, na wschodzie schodzą w dolinę Jodłownika na granicy Mariańskiej Doliny i Wojciechowic, a następnie przez grzbiet odchodzący od Kłodzkiej Góry w Górach Bardzkich, a ciągnący się po Owczą Górę, schodzą przez kulminację do doliny Jaszkówki, na granicy z Jaszkową Dolną, na południu biegną wzdłuż skraju wyraźnej terasy Doliny Nysy Kłodzkiej, aż do ujścia Białej Lądeckiej. Stąd na południowym zachodzie zboczem Czerwoniaka przechodzi w dolinę Bystrzycy Dusznickiej na granicy Starego Wielisławia i Książka. Potem w górę Bystrzycy Dusznickiej do Zagórza, na zachodzie ciągną się przez rozległy płaskowyż obok Mikowic do Leszczyn.
Warunki naturalne Rozciągłość zabudowań miejskich w kierunku południkowym wynosi ok. 7,6 km, a w kierunku równoleżnikowym ok. 6,4 km. Oś całego zespołu miejskiego wyznacza Nysa Kłodzka wraz z dopływami. W samym mieście od Nysy oddziela się Młynówka, obejmująca dużą wyspę, na której leży dawne Przedmieście Piasek oraz nowe osiedle.
Kłodzko leży na klimatycznej strefie przejściowej, z niewielką przewagą klimatu kontynentalnego. Średnia temperatura roku wynosi +, z kolei roczna amplituda sięga +. Opady atmosferyczne zamykają się w granicach 599 mm.