Afonin został ciężko ranny, 24 marca 1945 wrócił na front i ponownie objął dowództwo korpusu (w składzie 46 Armii 2 Frontu Ukraińskiego), brał udział w operacji bratysławsko-brnowskiej i praskiej, przeprawił się przez Dunaj i Morawę, zajął Brno i wziął udział w zajmowaniu Pragi. Od 31 marca 1943 miał stopień generała majora, a od 29 maja 1945 generała porucznika.

Od lipca 1945 służył na Dalekim Wschodzie, gdzie na czele 18 Gwardyjskiego Korpusu Piechoty Frontu Zabajkalskiego wziął udział w walkach z Japończykami.

Po wojnie nadal dowodził korpusem, w 1948 ukończył Wyższą Akademię Wojskową im. Woroszyłowa i został szefem Zarządu Operacyjnego - zastępcą szefa sztabu Białoruskiego Okręgu Wojskowego, a od maja 1949 do września 1951 był zastępcą dowódcy wojsk 1 Samodzielnej Armii Dalekowschodniego Okręgu Wojskowego. Od września 1951 do czerwca 1954 dowodził 123 Korpusem Piechoty Nadwołżańskiego Okręgu Wojskowego, od czerwca 1954 do listopada 1956 był I zastępcą dowódcy Zachodniosyberyjskiego Okręgu Wojskowego, od listopada 1956 do maja 1960 dowódcą 14 Armii Odeskiego Okręgu Wojskowego.