Na początku wojny Niemcy przeprowadzili masowe wysiedlenia ludności polskiej i żydowskiej. W nocy 30 listopada 1939 r. Niemcy wypędzili z miasta ponad 1000 polskich rodzin. W latach 1940–1945 istniał tutaj obóz przesiedleńczy, przez który przeszło ok. 10 000 Polaków, kilkuset z nich zamordowano. W dzielnicy Mątwy znajdował się obóz dla jeńców wojennych z ZSRR, Francji i Anglii. Zginęło ich tutaj około 900.
Okupację niemiecką w Inowrocławiu zakończył 21 stycznia 1945 roku radziecki 12 Gwardyjski Korpus Pancerny dowodzony przez generała-majora przy współudziale 34 Brygady Piechoty Zmotoryzowanej (później otrzymała miano „inowrocławskiej”) wchodzące w skład 1 Frontu Białoruskiego. Ostatni nalot niemiecki odbył się jednak jeszcze 4 kwietnia 1945 – pojedynczy samolot zrzucił 4 bomby odłamkowe i ostrzelał podróżnych na peronach dworca kolejowego w Inowrocławiu.
Okres powojenny