Relacja z wizyty duszpasterskiej prałata Cubellesa w 1539 wymienia tę kaplicę jako jedną z pięciu w Mdinie. W tym dokumencie kaplica jest wymieniona jako „Santa Agatha delli Inguanez”. Dokument ten, zapewne cytowany później także przez Achille Ferresa, mówi, że kaplicę tę zbudował arystokrata Francesco Gatto Desguanez i jego żona Donna Paola de Castelli w 1417. Ale jak wyżej podano, kaplica ta jest już wzmiankowana w dokumencie z 1414. Oznacza to zatem, że przed kaplicą zbudowaną przez małżeństwo Gatto Desguanez mogła znajdować się w tym samym miejscu inna kaplica pod tym samym wezwaniem.
Monsignor Dusina odwiedził tę kaplicę w sobotę 22 stycznia 1575. Kaplica miała wówczas jeden ołtarz. Miała również przyzwoity obraz świętej Agaty, a także lniany obrus na ołtarz. Niestety miała też uszkodzenia, m.in. przeciekający dach. Dusina nakazał naprawienie usterek oraz zakup dwóch kandelabrów z brązu, dużego drewnianego krzyża, szat sakralnych, w tym alby i stuły oraz mszału według obrządku rzymskiego.