Przełom przyniosły jednak badania genetyczne. Praca Graura i Higginsa z 1994 (porównanie sekwencji DNA jądrowego i mitochondrialnego licznych gatunków waleni z sekwencjami świni domowej czy bydła domowego) ujawniła wyniki sprzeczne z większością dotychczasowych poglądów: walenie i bydło domowe łączy więcej podobieństw, niż walenie i świnię domową czy nawet bydło domowe i świnię domową. Praca autorstwa Irwin i Árnason, wydana w tym samym roku, wprowadziła do analizy (tym razem sekwencjonowano gen cytochromu b) także hipopotama, który okazał się być bliżej spokrewniony z waleniami niż z innymi ssakami kopytnymi, wśród których był klasyfikowany. Podobny wynik przyniosła paca Gatesy'ego i innych z 1996, a także Arnasona z 2000. Kwestia bliskiego pokrewieństwa przodków waleni z mezonychami pojawia się jeszcze w pracach naukowych, jak u Spauldinga i innych (2009) – praca te rozważa jednak włączenie mezonychów do parzystokopytnych.