11 maja 1968 r. ok. 60 osób w czynie społecznym odnowiło mury świątyni i umyło podłogi. 19 maja 1970 r. w związku z nadchodzącą rocznicą 20-lecia istnienia miejscowej parafii ustawiono nowe tabernakulum z pnia sosnowego zaprojektowane przez Annę Grocholską. Jesienią 1970 r. wokół kościoła wybudowano nowe ogrodzenie. W sierpniu 1980 r. w kościele Jerzy Nowosielski wykonał mozaikę, przedstawiającą scenę stygmatyzacji św. Franciszka. Uważano, że podczas remontu świątyni uległa ona zniszczeniu, jednak w 2022 roku odnaleziono ją na strychu świątyni i przeniesiono do budynków parafialnych. W 2023 roku została wpisana do rejestru zabytków. Miejsce mozaiki Nowosielskiego zajął później obraz św. Franciszka, będący kopią z fresku Cimabue z bazyliki św. Franciszka z Asyżu. Namalowany został przez Magdalenę i Andrzeja Starzyckich, mieszkańców Izabelina.
W październiku 1982 r. zamontowano nowe, modrzewiowe drzwi wejściowe do kościoła. Na przełomie kwietnia i maja 1983 r. odnowione zostało wnętrze budynku. 26 września 1990 r. zakończył się kapitalny remont obiektu, a rok później budynek został otynkowany. Od października 1993 r. do listopada 1994 r. miały miejsce prace porządkowe przy kościele. 14 września 1994 r. w świątyni zawieszono krzyż wykonany z „Sosny Powstańczej”.