Rozważa się też eliminację pewnych gatunków za pomocą gene drive ustawionych na nadpisanie genów kodujących płeć samic np. w przypadku komarów - w każdym kolejnym pokoleniu będzie wzrastać liczebność samców, co spowoduje, że ostatecznie gatunek wyginie bez samic. Dziennik Naukowy nazwał to "technologią, która pozwala niszczyć całe gatunki"
Rozważa się eliminację kleszczy (roznoszą boreliozę) szczurów oraz komarów. Te ostatnie są przedmiotem modyfikacji genetycznych utrudniających przenoszenie patogenów na ludzi, co w efekcie ma spowodować zmniejszenie zachorowalności i śmiertelności u ludzi.
Są propozycje by zamiast zabijać komary uodpornić całą ich populację na malarię za pomocą gene drive. Są propozycje, by za pomocą technologii gene drive wyeliminować odporność u superchwastów i owadów na środki ochrony roślin. Rośliny i owady te będą mogły dalej żyć poza polami uprawnymi. Jest to rozwiązanie bardziej humanitarne niż likwidacja całego gatunku.
Wojsko USA zainwestowało w rozwój tej technologii, prawdopodobnie w celu nadpisywania genów do uodpornienia na przyszłą broń biologiczną.