Po wybuchu II wojny światowej wyjechał do Lwowa, gdzie po wkroczeniu Armii Czerwonej został aresztowany i zesłany na Syberię. Po ogłoszeniu amnestii przedostał się do miejsca tworzenia Armii Polskiej pod dowództwem gen. Władysława Andersa, z którą przez Iran dotarł do Libanu. Postępująca gruźlica sprawiła, że pozostał tam na stałe, zamieszkał w Bejrucie. Od 1947 prowadził tam Polską Szkołę Malarstwa i Rysunku, która powstała z inicjatywy Wydziału Oświaty Poselstwa RP w Bejrucie i prof. Antoniego Markowskiego w ramach Instytutu Polskiego. Szkoła działała do czerwca 1950, gdy większa część polskich emigrantów opuściła Liban. W 1951 Towarzystwo Studiów Irańskich wydało pracę zbiorową zatytułowaną Lachestan, Bolesław Baake był autorem zamieszczonych tam ilustracji. Latem tego samego roku w lokalu Klubu Libańsko-Syryjskiego w Bejrucie miała miejsce wystawa indywidualna prac artysty. Jako jedyny Polak w Libanie zajmował się krytyką sztuki, na łamach polskojęzycznych periodyków omawiał polskie, francuskie i libańskie malarstwo. pod koniec życia przebywał w sanatorium sióstr szarytek we wsi Bhannes, gdzie zmarł 6 marca 1963 i został pochowany na polskim cmentarzu w Bejrucie.