W listopadzie 1993 roku Praljak wszedł w konflikt z dowódcą batalionu wojskowego HVO, Mladenem Naletiliciem „Tutą”, co doprowadziło do rezygnacji Praljaka ze stanowiska szefa Sztabu Generalnego HVO.
9 listopada 1993 roku został zburzony Stary Most w Mostarze, a większość światowych mediów oskarżyła o ten akt wandalizmu Chorwacką Radę Obrony, na której czele stał Slobodan Praljak.
Kariera po wojnie Po wojnie Praljak stał się biznesmenem. W 1995 roku z bratem Zoranem założył firmę Oktavijan. Firma braci Praljak początkowo produkowała filmy, filmy wideo i programy telewizyjne oraz publikowała książki Slobodana. Później Slobodan zaangażował się w działalność związaną z nieruchomościami, zarządzając kompleksem biznesowym Centar 2000 w Zagrzebiu. Od 2005 roku firma jest zarządzana przez nowego właściciela, pasierba Nikolę Babicia Praljaka. W 2011 firma Oktavijan miała dochód na poziomie około 22 milionów kun. Praljak był również współwłaścicielem Liberanu, spółki mającej udział w Ljubuški Tobacco Factory, posiadał również udziały w kilku innych spółkach.