Upadek muzeum przyrodniczego Peale’ów W 1842 roku z muzeum Peale’ów zostały usunięte okazy z ekspedycji Wilkesa, po czym większość z nich uległa zniszczeniu. Wkrótce potem ich muzeum zbankrutowało, a jego zbiory, które były podstawowym źródłem każdej znaczącej monografii przyrodniczej z dziedziny ornitologii, entomologii, zoologii i paleontologii, napisanej w Stanach Zjednoczonych w ciągu pierwszych trzech dekad XIX wieku, zostały rozproszone.
Praca w Urzędzie Patentowym Po tych doświadczeniach i okresowych trudnościach Peale, przy wsparciu rodziny, objął w 1849 roku stanowisko asystenta inspektora w Urzędzie Patentowym Stanów Zjednoczonych. Pracował w nim aż do momentu przejścia na emeryturę w 1873 roku.
Ostatnie lata życia W ostatnich latach swojej kariery artystycznej Peale kontynuował malowanie, bardzo interesował się też fotografią, zarówno w swojej pracy w Urzędzie Patentowym, jak i poza nią. Został członkiem założycielem Amateur Photographic Exchange Club, pierwszego tego typu klubu w Stanach Zjednoczonych. Nie udało mu się natomiast doprowadzić do końca naukowego przedsięwzięcia, jakim miało być napisanie i zilustrowanie książki poświęconej motylom Ameryki Północnej.