Prawdopodobnie główną przyczyną tworzenia owocników podziemnych był niedobór wody. U grzybów rosnących w suchych siedliskach następowało wysychanie hymenium. W suchych siedliskach większe szanse przetrwania miały grzyby wytwarzające swoje owocniki pod ziemią, gdyż jest tam większa wilgotność, bardziej stabilne warunki, a zamknięcie hymenium wewnątrz osłony (perydium) dodatkowo sprzyja jego przetrwaniu.
Znaczenie Charakterystyczną cechą grzybów podziemnych jest silne powiązanie różnego rodzaju zależnościami z innymi organizmami: mikroorganizmami, roślinami i zwierzętami. Jest kilka form tego współżycia: Mykoryza. Jest to współżycie korzystne zarówno dla grzybów, jak i współżyjących z nimi roślin. Wiele gatunków grzybów podziemnych tworzy mikoryzę z różnymi gatunkami drzew i krzewów leśnych. Na przykład trufla letnia Tuber aestivum tworzy mikoryzę z licznymi gatunkami drzew, zarówno liściastych (buk, dąb, grab, lipa), jak i iglastych (sosna, modrzew). Piestrówka różowawa Rhizopogon roseolus mykoryzuje z sosną, a Glomus macrocarpum z klonem. Większość gatunków grzybów podziemnych to grzyby mykoryzowe. Owocniki grzybów podziemnych są siedliskiem dla wielu mikroorganizmów;