Oprócz tego Centrum posiada Wierszalińską Kolekcję Proroka Ilji, Kolekcję Tomasa Venclovy, Kolekcję map z końca XIX i początku XX wieku, Kolekcję Jerzego Ficowskiego oraz Kolekcję Czesława Miłosza.

Geneza zbioru wiąże się z projektami realizowanymi przez Ośrodek „Pogranicze”, np. Otwarte Regiony Europy Środkowowschodniej. Zbiory pochodzą z darowizn, materiałów pozyskanych w czasie podróży członków zespołu „Pogranicza”, w toku współpracy z wydawnictwami i instytucjami kultury, a także są pozyskiwane w drodze zakupu.

W roku 2010 Centrum Dokumentacji Kultur Pogranicza rozpoczęło digitalizację posiadanych kolekcji. W Cyfrowej Bibliotece Pogranicza – należącej do konsorcjum Podlaskich Bibliotek Cyfrowych oraz Biblioteki Europejskiej Europeana – znajduje się „Kolekcja dziedzictwa dawnej Rzeczypospolitej”, „Kolekcja Tomasa Venclovy” oraz „Kolekcja Czesława Miłosza”.