W celu poglądowego zaprezentowania każdego okresu lub gatunku sztuki zbiory muzeum pogrupowane są w takich działach jak: starożytność, początek i rozwój buddyzmu, cywilizacja samurajów, ewolucja techniki wytwarzania wyrobów metalowych i sztuki stosowanej w okresie Edo (1603–1868). Dwie galerie na wyższych piętrach, odnowione w 2001 roku, z nowymi pomieszczeniami wystawienniczymi, są miejscem zarówno wystaw czasowych, jak i rotacyjnej prezentacji muzealnych eksponatów.
Galerie wystawowe Stałe wystawy (hol główny i galerie nr 1–2, 5, 6). Eksponowana jest w nich japońska rzeźba buddyjska i antyki z okresu prehistorycznego, protohistorycznego i historycznego: kamienne artefakty, dzwonki z brązu, halabardy, lustra, magatamaOzdoby (także o znaczeniu talizmanu przynoszącego szczęście), koraliki o kształcie przecinka. Pierwsze artefakty tego rodzaju pochodzące z okresu Jōmon były wytwarzane z kamieni i gliny, a późniejszych wiekach z jadeitu i agatu. Mają one wiele znaczeń symbolicznych, między innymi obrazu ludzkiej duszy, jednego z regaliów cesarskich (klejnotu). Według niektórych teorii jest to połowa znaku in-yō (chiń.