W sierpniu 1939 r. zmobilizowany został do Grudziądza. Z grupą oficerów dostał się na Lubelszczyznę, tam 15 września 1939 został skierowany do dyspozycji komendanta garnizonu w Chełmie Lubelskim. Tutaj dostał się do niewoli niemieckiej. Według niejasnych informacji zbiegł z transportu do obozu do Niemiec lub został zwolniony z niewoli powołując się na niemieckie pochodzenie. Powrócił do domu i zajął się gospodarstwem. Następnie dostał powołanie do Wehrmachtu, ale uciekł z transportu.
Prawdopodobnie od lata 1942 został komendantem gminy Kielno oraz dowódcą oddziału partyzanckiego w ramach TOW „Gryf Pomorski”. Zorganizował wiele akcji partyzanckich. Najbardziej znaną (zorganizowaną wspólnie z oddziałem Bernarda Michałki) był atak na lotnisko ćwiczebne w Strzebielinie, gdzie zdobyto znaczne ilości broni i amunicji oraz uszkodzono – zniszczono kilka samolotów.
Alfred Loeper zginął w dniu 29 lutego 1944 nad Zagórską Strugą pod Koleczkowem po wielogodzinnej walce z siłami niemieckiego wojska i policji.