Proces usuwania pozostałości i uporządkowania terenu trwał 24 godziny na dobę przez okres ośmiu miesięcy. Gruz został przetransportowany na składowisko odpadów Fresh Kills w Staten Island, gdzie następnie został poddany badaniom. 30 maja 2002 odbyła się ceremonia, która oficjalne zakończyła prace porządkowe. W 2002 rozpoczęto budowę nowego wieżowca 7 WTC z północnej części kompleksu. Budynek nie był częścią projektu zagospodarowania terenu, w związku z czym Larry Silverstein mógł niezwłocznie rozpocząć proces jego odbudowy. Obiekt ukończono i oficjalnie otwarto w maju 2006; w kontekście całej odbudowy było to uważane za priorytet, ponieważ przywrócenie stacji transformatorowej Con Edison na niższych kondygnacjach biurowca było konieczne, aby zaspokoić zapotrzebowanie energii na Dolnym Manhattanie.
Mimo to Silverstein i Con Edison uznali, że odbudowa 7 WTC musi być spójna z planem głównym, który miał otworzyć siatkę ulic, którą pierwotnie blokował tzw. „superblok” World Trade Center. W rezultacie projekt wieżowca umożliwił ponowne otwarcie ulicy Greenwich, wcześniej kończącą się przed 7 WTC (1987–2001).