Nazwa grupy pochodzi od tego, że początkowo należały one do rodziny kielisznikowatych (Cyphellaceae). W wyniku dużych zmian, jakie zachodzą w taksonomii grzybów, obecnie należą one także do wielu innych jednostek taksonomicznych. Do grzybów cyfelloidalnych zalicza się m.in. takie rodzaje, jak: Calathella, Calyptella, Cyphella, Cyphellopsis, Flagelloscypha, Henningsomyces, Lachnella, Merismodes, Rectipilus, Plicaturopsis i Woldmaria. Obecnie grzyby cyfelloidalne znajdują się w rodzinach kielisznikowate, strzępiakowate, twardzioszkowate, gąskowate i Niaceae. Sekwencjonowanie DNA potwierdza tę różnorodność, pokazując, że grzyby cyfelloidalne ewoluowały niezależnie co najmniej osiem razy w obrębie podstawczaków. Zauważono, że większość grzybów cyfelloidalnych była spokrewniona z pieczarkowcami i czasami nazywano je „zredukowanymi pieczarkowcami”. Sekwencjonowanie DNA pokazuje, że rzeczywiście jest to prawdą, niemal wszystkie przebadane pod tym względem gatunki są pieczarkowcami.