W 2012 roku Hernández zajął z Junior drugie miejsce w superpucharze kraju – Superliga Colombiana, zaś w sezonie Apertura 2014 zanotował kolejne wicemistrzostwo Kolumbii. W sezonie Finalización 2015 zdobył trzeci w swojej karierze tytuł wicemistrza Kolumbii, a także triumfował w rozgrywkach pucharu Kolumbii – Copa Colombia. Mniej więcej w tym czasie został wiodącą postacią nie tylko swojej ekipy, ale także całej ligi kolumbijskiej (w 2015 roku w oficjalnym plebiscycie Premios del Fútbol Colombiano znalazł się w najlepszej jedenastce rozgrywek). W sezonie Apertura 2016 wywalczył drugie z rzędu (a czwarte ogółem) wicemistrzostwo kraju, a w tym samym roku doszedł również do finału Copa Colombia. Ogółem barwy Junior reprezentował przez dziewięć lat – we wszystkich rozgrywkach zanotował 307 spotkań i strzelił 58 goli, jest uznawany za jedną z ważniejszych postaci w historii klubu.
W styczniu 2017 Hernández za sumę miliona dolarów przeszedł do wicemistrza Brazylii i krajowego giganta – zespołu Santos FC.