Zrzeszenie ma strukturę ogólnopolską. Zarząd Główny mieści się w Lublinie, któremu podporządkowane są 4 obszary (oddziały): Centralny (Łódź), Południowy (Kraków), Wschodni (Lublin), Zachodni (Wrocław). Najmniejszą jednostką organizacyjną są koła terenowe. Najwyższą władzą Zrzeszenia jest Zjazd Delegatów. W okresach międzyzjazdowych władzę sprawują Zarząd Główny i Główna Komisja Rewizyjna. Członkowie tych ciał są wybierani przez kolejny Zjazd Delegatów na okres czterech lat. Działalnością Związku kieruje prezes Zarządu Głównego. W skład Zarządu Głównego wchodzą prezesi istniejących obszarów.
Prezesi Zarządu Głównego Zrzeszenia WiN gen. bryg. Mieczysław Huchla (1990–1996) płk Jerzy Woźniak (1996–2003) dr hab. Janusz Kurtyka (2003–2010) mjr Jerzy Pasierbiak (2010–2012) ppłk Stanisław Gajewski (p.o. 2012) kpt. Zbigniew Młyniec (2012–nadal)
Wydawnictwa Od 1992 r. Komisja Historyczna Zrzeszenia WiN wydaje „Zeszyty Historyczne WiN-u”, dotyczące dziejów walki Polaków o niepodległość w latach 1939–1989. Szczególne miejsce zajmuje na ich łamach zagadnienie oporu zbrojnego z lat 1944/45–1956.