Działalność Wojskowe Biuro Historyczne zajmuje się organizacją i funkcjonowaniem wojskowej sieci archiwalnej, kształtowaniem i ewidencją tego zasobu. Udostępnienia materiały archiwalne, prowadzi badania naukowe, kwerendy archiwalne, organizuje konferencje. Posiada też własne wydawnictwo.
Dyrektorem WBH w latach 2016–2023 był Sławomir Cenckiewicz. Od 2024 r. dyrektorem jest Grzegorz Motyka.
Struktura WBH Kierownictwo Wydział Badań Historycznych Sekcja Badań nad Wojskiem do 1945 roku Sekcja Badań nad Wojskiem po 1945 roku Wydział Administracyjno-Personalny Wydział Ochrony Informacji Niejawnych Kancelaria Tajna Centralne Archiwum Wojskowe Wydział Informatyzacji i Digitalizacji Zasobu Sekcja Informatyzacji i Digitalizacji Zasobu Sekcja Przechowywania Zasobu Pracownia Konserwacji Wydział Opracowywania Zasobu Pracownia Zbiorów Specjalnych Sekcja Opracowywania Wydział Informacji Naukowej i Udostępniania Zasobu Sekcja Kwerend Pracownia Naukowa Pracownia Informacji Naukowej Wydział Ewidencji i Kształtowania Zasobu Archiwum Wojskowe w Nowym Dworze Mazowieckim Archiwum