Emil Werner (ur. w Żytomierzu, zm. 19 sierpnia 1920 pod Czarnostowem) – major piechoty Wojska Polskiego, działacz niepodległościowy, kawaler Orderu Virtuti Militari.
Życiorys Emil Werner urodził się w Żytomierzu. W dzieciństwie stracił ojca. Po ukończeniu szkół wstąpił do rosyjskiej marynarki handlowej, gdzie po kilku latach praktyki ukończył szkołę morską i został oficerem marynarki. Po wybuchu I wojny światowej służył w marynarce Armii Imperium Rosyjskiego, później jako oficer liniowy w oddziałach strzelców morskich. Po wybuchu rewolucji październikowej w grudniu 1918 wystąpił z armii rosyjskiej i wstąpił do I Korpusu Polskiego w Rosji.
W szeregach I Korpusu walczył do czasu kapitulacji w maju 1918 roku. Został wzięty do niewoli niemieckiej, a po oswobodzeniu z niej dotarł do rodzinnego Żytomierza, gdzie dowiedział się o zamordowaniu siostry i szwagra przez bolszewików. Powodowany chęcią walki z wrogiem i dowiedziawszy się o formowaniu oddziałów polskich w Murmańsku, natychmiast wyruszył na wschód z zamiarem dotarcia do tego miejsca. W Moskwie zmuszony był zmienić kierunek, po czym pod koniec września 1918 dotarł na Syberię, gdzie wstąpił do Wojska Polskiego na Wschodzie.