Na tyłach willi jest zaciszny ogród. Królowa opisywała go po prostu jako „mały ogród w Villa Guardamangia”. Osobiście urządziła ogród i otoczenie według własnych upodobań i stylu życia, chociaż większość prac stricte ogrodniczych wykonał ogrodnik. Główną atrakcją ogrodu jest długi taras, wychodzący z budynku willi i ciągnący się do końca ogrodu. Środek tarasu to miejsce, gdzie stała ławka, przy której zrobione zostały najbardziej znane fotografie królewskiej pary i ich gości. Ogród pełnił funkcję rozrywkową, ale także uprawiano tam kwiaty, które książę Filip lubił mieć w swojej kabinie okrętowej i mesie oficerskiej.
Stan obecny thumb|left|150px|Willa jest w stanie zaniedbanym
Malta Environment and Planning Authority (MEPA) zaliczyła willę do zabytków narodowych 2. klasy. Budynek jest zaniedbany. NGO Flimkien għal Ambjent Aħjar (Razem dla najlepszego środowiska) wezwała do jego odnowy, a rząd stara się wywłaszczyć willę i ją odremontować, oskarżając jej obecnych właścicieli o celowe doprowadzenie budynku do gorszego stanu, aby móc go zburzyć, a parcelę sprzedać pod zabudowę. W roku 2015, królowa Elżbieta podczas swojego pobytu w San Anton Palace stwierdziła, willa „wygląda teraz raczej żałośnie.”