W 1935 ponownie wyjechał na misje, tym razem do Japonii. 19 marca 1937 papież mianował go prefektem apostolskim Kioto. 10 października 1940 zrezygnował z prefektury, aby prefektem mógł zostać Japończyk. Ze względu na zaangażowanie w dzieła charytatywne, po wybuchu wojny, mimo iż był Amerykaninem, nie został aresztowany. Jednak przebywał w areszcie domowym. Po zajęciu Japonii przez wojska amerykańskie został poproszony o nadawanie audycji radiowych dla Japończyków, aby uspokoić ludzi. Jego pomoc pochwalił głównodowodzący siłami alianckimi gen. Douglas MacArthur.
Episkopat i męczeństwo W 1947 mianowany wizytatorem apostolskim w Korei, a w 1949 delegatem apostolskim w Korei. W związku z otrzymaniem nominacji na delegata apostolskiego 7 kwietnia 1949 przyjął sakrę biskupią z rąk biskupa pomocniczego nowojorskiego Thomasa Johna McDonnella. Współkonsekratorami byli wikariusz apostolski Seulu bp Paul Marie Kinam Ro oraz emerytowany wikariusz apostolski Seulu Andrien-Joseph Larribeau MEP. Otrzymał wtedy biskupstwo tytularne Gazera.