Jednak ostatecznie służby nie podjął, ponieważ dowódca 2 Dywizji generał Józef Zajączek w raporcie skierowanym do samego Napoleona wniósł o jego dymisję z powodu pijaństwa. Po wystąpieniu z wojska został urzędnikiem wojskowym, jako podinspektor 2 klasy.
Życie prywatne thumb|250px|Nagrobek Wojciecha Greffena (widok od tyłu) W 1795 roku poślubił Bogumiłę Florentynę Heilman (ok. 1769-1831), córkę Samuela, duchownego ewangelickiego z Rydzyny, i Zuzanny zd. Dörfer. Z małżeństwa pochodziło sześcioro dzieci, z czego troje zmarło w 1813 roku, wszystkie w wieku dziecięcymHipolit przeżył niecałe 2 lata, Bogumiła 9 lat, a Henrietta 8 lat.. Rodziców przeżyli: Maksymilian (1796–1864), w latach 60. XIX wieku naczelnik Głównego Zarządu Spisu i Zaciągu Wojskowego Królestwa kongresowego, poślubił Eleonorę zd. Kondrowską (zm. 1860), August (1798–1875), podpułkownik Wojska Polskiego, w okresie powstania listopadowego walczył w składzie 13 Pułku Piechoty Liniowej, odznaczony krzyżem złotym orderu Virtuti Militari, po upadku powstania intendent szpitala ewangelickiego w Warszawie, poślubił Joannę zd.