Już w 1882 roku założył niewielkie obserwatorium w prywatnej willi u podnóża wzgórza Janikulum, wyposażone w teleskop Merza o ogniskowej 1,5 m. Chciał wznowić badania astrofizyczne, a nie otrzymawszy finansowania ze środków publicznych, zainwestował swoje własne fundusze w zakup teleskopu o ogniskowej 4 m i jego oprzyrządowania. Tym samym założył w 1887 roku nowe obserwatorium, poświęcone pamięci Angelo Secchiego.
20 lutego 1894 roku usunięto go z zakonu jezuitów w związku z pożyczkami zaciągniętymi przez niego bez pozwolenia. Przeprowadził się do Paryża, gdzie zmarł w 1903 roku.
Odkrycia skatalogowane w New General Catalogue W trakcie bezowocnych poszukiwań komety Bieli od 11 listopada 1865 do 18 stycznia 1866 roku Ferrari odkrył 14 obiektów typu „mgławicowego”. Wyniki obserwacji zostały opisane przez Secchiego w niemieckim czasopiśmie „Astronomische Nachrichten”. John Dreyer umieścił te obiekty w swoim katalogu NGC, błędnie podając za odkrywcę Secchiego. Nowsze badania dowiodły, że tylko 5 z tych 14 obiektów to obiekty rzeczywiste (galaktyki NGC 50, NGC 7667, NGC 7683, NGC 7738 i NGC 7739), jeden to