Od lat młodzieńczych wykazywał zainteresowanie lutnictwem, które po wieloletnim systematycznym samokształceniu w tym kierunku oraz badaniach nad akustyką instrumentów staropolskich i starowłoskich, przerodziło się w stałe zajęcie. W 1905 r. zbudował pierwszy model skrzypiec swojej konstrukcji. Był twórcą dwóch podstawowych modeli, Antici - opartej na wzorach klasycznych oraz Polonii - bazującej na falistym kształcie barokowym (naśladował szesnastowieczne skrzypce żłobione Marcina Groblicza starszego). "Polonia" wyróżniała się główką w kształcie głowy kobiety w miejsce ślimaka oraz charakteryzowała się fletowym zabarwieniem brzmienia.
Działalność Panufnika była ukierunkowana na odnowę i wzmożenie zainteresowania polską szkołą lutniczą. W 1921 r. w Warszawie przy ulicy Zygmuntowskiej 4 powołał do życia fabrykę „Panufnik” Sp. z o.o., której zadaniem było wytwarzanie instrumentów smyczkowych. Po kilku miesiącach, zanim produkcja ruszyła pełną parą, przedsiębiorstwo upadło z powodu kłopotów finansowych. W 1930 r. zainicjował utworzenie i kierował Oddziałem Budowy Instrumentów Smyczkowych przy Państwowej Szkole Rzemieślniczo–Przemysłowej w Warszawie. W 1935 r., wskutek reorganizacji szkolnictwa, instytucja została zlikwidowana, mimo to inicjatywa ta miała kontynuację w Polskiej Wytwórni Instrumentów Muzycznych Sp. z o.o.