Konstrukcja M.3 był łodzią latającą o układzie dwupłatu i konstrukcji całkowicie drewnianej. Konstrukcja kadłuba skorupowa, o przekroju prostokątnym i sklejkowym pokryciu. Długość samolotu wynosiła 10,25 metra, a jego wysokość 3,33 metra. Podłodzie jednoredanowe. Na końcu kadłuba znajdowało się klasyczne usterzenie drewniane, kryte płótnem. Komora płatów dwuprzęsłowa, podparta dwoma parami zastrzałów z rurek o przekroju kroplowym oraz ukośnymi podporami końcówek górnego płata, wykrzyżowana drutem stalowym. Skrzydła dwudźwigarowe, drewniane, o dużym skosie krawędzi natarcia, kryte płótnem. Płat górny bez wzniosu, dolny z niewielkim wzniosem, o mniejszej rozpiętości. Rozpiętość skrzydeł wynosiła 15,95 metra, a powierzchnia nośna 45 m². Pomocnicze małe pływaki o konstrukcji drewnianej i prostokątnym przekroju usytuowano pod skrajnymi zastrzałami dolnego płata. Masa własna wynosiła 900 kg, zaś masa całkowita (startowa) 1350 kg.
Napęd stanowił chłodzony cieczą 6-cylindrowy silnik rzędowy Isotta Fraschini V.4B o mocy 118 kW (160 KM), zawieszony pod górnym płatem, w układzie pchającym. Śmigło drewniane, dwułopatowe. Prędkość maksymalna wynosiła 145 km/h. Maszyna osiągała wysokość 1000 metrów w czasie 5 minut i 30 sekund, zaś na osiągnięcie 4000 metrów samolot potrzebował 38 minut.