Dostawca ma ograniczone prawa do dyspozycji środkami znajdującymi się na specjalnym rachunku VAT. Głównie może dysponować danymi środkami przy rozliczaniu zobowiązań podatkowych z tytułu VAT do urzędu skarbowego bądź przelewać je na inny rachunek VAT (np. kontrahenta). Podatnik może wykorzystać środki na inne cele, przechodząc przedtem długotrwałą procedurę – podatnik będzie musiał wystosować odpowiedni wniosek do naczelnika Urzędu Skarbowego. Wnioskodawca nie musi w żaden sposób motywować, czy też uzasadniać wniosku, jak również załączać do niego określonej dokumentacji. Następnie naczelnik Urzędu Skarbowego w ciągu 60 dni wyda postanowienie ze wskazaniem wysokości środków zgromadzonych na rachunku VAT podatnika, które mogą zostać przeznaczone na inne cele. Przy czym kwota ta nie obejmie wartości zaległości podatkowej wraz z odsetkami.
Może nie wyrazić takiej zgody, jeśli: Podatnik wystawił fakturę w sytuacjach, o których mowa w art. 88 ust.