W czasie kampanii wrześniowej 1939 roku dowódca 10 dywizjonu taborów. Po agresji ZSRR na Polskę wzięty do niewoli przez Sowietów w okolicach Włodzimierza Wołyńskiego i przewieziony do obozu przejściowego w Szepetówce. Osadzony w obozie jużskim (stan na 18.10.1939), a następnie przeniesiony w listopadzie lub na początku grudnia 1939 roku do obozu jenieckiego w Kozielsku. W raporcie specjalnym Głównego Zarządu Bezpieczeństwa Państwowego NKWD ZSRR do zastępcy komisarza ludowego Spraw Wewnętrznych komdiwa Wasilija Czernyszowa z 9 listopada 1939 roku są podane patriotyczne i antysowieckie wypowiedzi w rozmowach Czerkawskiego z współjeńcami obozu jużskiego (na podstawie danych wywiadowczych) z 18.10.1939. Ostatnie wiadomości od Czerkawskiego to dwa listy z zimy 1939/40 wysłane do siostry we Lwowie. Między 7 a 9 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa LW 017/3 z 1940 roku poz. 2, akta osobowe nr 3277. Został zamordowany między 9 a 11 kwietnia 1940 roku przez funkcjonariuszy NKWD w lesie katyńskim i pogrzebany w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 roku mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne, jednak Marian Józef Czerkawski nie został zidentyfikowany.