W marcu 1939 był oficerem administracyjno-materiałowym 75 pp.
W czasie kampanii wrześniowej 1939 w Ośrodku Zapasowym 23 Dywizji Piechoty. Po agresji ZSRR na Polskę wzięty do niewoli przez Sowietów w Kołomyi i osadzony w obozie jenieckim w Kozielsku. Między 19 a 21 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa LW 036/4 poz. 54, akta osobowe nr 3888 z 16 kwietnia 1940. Został zamordowany wiosną 1940 przez funkcjonariuszy NKWD w lesie katyńskim i pogrzebany w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne, jednak Stanisław Wojciech Cycoń nie został zidentyfikowany. Jego nazwisko znajduje się w kalendarzyku znalezionym przy szczątkach ppor. Dobiesława Jakubowicza i przechowywanym w Archiwum dr. Robla (pakiet 0836-04). Krewni w 1947 poszukiwali informacji o Stanisławie Cyconiu przez Biuro Informacji i Badań Polskiego Czerwonego Krzyża w Warszawie.
Życie prywatne Od 1921 żonaty z Wiktorią Walczakówną, mieli trzy córki: Halinę, Danutę i Zofię.