W marcu 1939, w stopniu majora, w dalszym ciągu pełnił służbę w Centrum Wyszkolenia Sanitarnego na stanowisku zastępcy kierownika naukowego oddziału higieny wojennej Szpitala Szkolnego.
W czasie kampanii wrześniowej 1939 ewakuowany z CWSan. na wschód. Po agresji ZSRR na Polskę w nieznanych okolicznościach wzięty do niewoli przez Sowietów i osadzony w obozie jenieckim w Kozielsku. Figuruje na liście jeńców Kozielska z dnia 4 marca 1940. 28 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD, lista wywózkowa 052/4 z 27 kwietnia 1940 poz. 102, nr akt 2868. Został zamordowany 30 kwietnia 1940 przez funkcjonariuszy NKWD w lesie katyńskim i pogrzebany w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943, zapis w dzienniku ekshumacji pod datą 22 maja 1943. Figuruje pod numerem 2705 na liście AM i liście Komisji Technicznej PCK. Przy zwłokach Aleksandra Cybulskiego zostały odnalezione: leg. ofic., pocztówka oraz etui na cwikier.