W 2015 roku uruchomiono wersję internetową Messengera oraz wprowadzono możliwość korzystania z aplikacji bez rejestracji w serwisie Facebook. Opcja założenia konta w aplikacji bez posiadania konta w serwisie Facebook była dostępna do 2019 r. Pod koniec 2019 r. Facebook zmodyfikował regulamin, zmieniając sposób korzystania z komunikatora i narzucając wymóg posiadania konta w serwisie Facebook przy zakładaniu nowego konta w komunikatorze. Zmiany wprowadzone pod koniec 2019 r. nie dotyczą jedynie tych użytkowników, którzy już posiadali swoje konta w komunikatorze.
W październiku 2016 roku Facebook uruchomił usługę Messenger Lite, tj. wersję Messengera pozbawioną szeregu dodatkowych funkcji. W 2018 r. Facebook zauważył potrzebę wdrożenia ciemnego motywu w swoich aplikacjach, dlatego główna aplikacja, jak i też Messenger go posiadają. 15 sierpnia 2020 roku komunikator uruchomił możliwość komunikacji z użytkownikami aplikacji Instagram Direct należącej do serwisu społecznościowego Instagram.