Każdego roku, w wigilię Bożego Narodzenia i na Nowy Rok, Fondaco odwiedzali w uroczystej procesji duchowni z kościoła San Bartolomeo. W 1300 roku, wraz z przejęciem domów należących do rodziny Polani, obiekt został rozbudowany. W 1505 roku został zniszczony przez wielki pożar. Senat tymczasowo ulokował „niemieckich” kupców w domach Lippomano na Santa Fosca, zarządzając jednocześnie przebudowę zniszczonego budynku. Projekt przebudowy sporządzili Giorgio Spavento i Antonio Abbondi. W 1508 roku prace zostały zakończone.
Liczne remonty wnętrz przeprowadzono w XIX wieku oraz w latach 30. XX wieku w celu adaptacji budynku na urząd ceł. W 1939 roku w budynku ulokowano Pocztę Włoską, nie zmieniając jednak jego pierwotnego rozplanowania.
Dom towarowy T Fondaco Na początku XXI wieku postanowiono przekształcić Fondaco dei Tedeschi w centrum handlowe z panoramicznym widokiem (360°) na miasto; w 2008 roku zapadła decyzja o sprzedaży Fondaco dei Tedeschi grupie Benetton. Plan gruntownej przebudowy powierzono holenderskiemu architektowi Remowi Koolhaasowi.