Po wybuchu wojny secesyjnej pomagał organizować pułk piechoty Arkansas i zabezpieczał go jako pułkownik, we wrześniu 1861 otrzymał stopień brygadiera i objął dowództwo brygady Armii Missisipi. 6-7 kwietnia 1862 walczył w bitwie pod Shiloh przegranej przez Konfederatów; uszedł wówczas z pola bitwy lekko ranny po tym, gdy pocisk artyleryjski trafił jego konia. Tydzień po bitwie otrzymał stopień generała majora, a w maju 1862 objął dowodzenie Departamentu Trans-Missisipi, nowo utworzonego okręgu wojskowego. Otrzymał zadanie powstrzymania gen. Samuela Curtisa i obrony Arkansas. Wprowadził stan wojenny, brutalnie rekrutował mężczyzn do wojska Konfederacji i nakazał spalić całą bawełnę zagrożoną zdobyciem przez wroga. Mimo że udało mu się powstrzymać Curtisa, jego działania spotkały się z silnym sprzeciwem cywilów oraz dwóch jego oficerów, Alberta Pike'a i Douglasa Coopera; wszyscy stanowczo skarżyli się władzom Konfederacji, że Hindman postąpił nielegalnie. Konfederacki rząd w Richmond uległ naciskom i zastąpił go Theophilusem Holmesem jako nowym dowódcą Dystryktu Trans-Missisipi, mimo to Hindman pozostał odpowiedzialny za Dystrykt Arkansas i utrzymał aktywne dowodzenie siłami zbrojnymi stanu.