Twórczość Prace Jerzego Skąpskiego znajdują się w Muzeum Narodowym w Krakowie, Muzeum w Lublinie, Éditions du Dialogue w Paryżu, Johnson's Collection w Chicago, klasztorze ss. Klarysek w Kevelaer, kościele w Mangula (Zimbabwe), Instytucie Jad Waszem w Jerozolimie, Białym Domu w Waszyngtonie oraz w Muzeum Archidiecezjalnym w Krakowie.
Witraże
Jerzy Skąpski jest autorem licznych witraży, w tym sakralnych witraży monumentalnych (łącznie ponad 800 sztuk). Umiejscawia się go pośród artystów realizujących największe przeszklenia w Europie. Współpracuje z krakowską pracownią witraży Macieja Szwagierczaka – TESTOR.
Jego prace można zobaczyć m.in.:
w Krakowie:
kościół Matki Boskiej Królowej Polski – Arka Pana, ul. Obrońców Krzyża, Nowa Huta, kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa, ul. Ludźmierska, Nowa Huta Kościół Miłosierdzia Bożego w Krakowie os. Na Wzgórzach, Nowa Huta kościół św. Jadwigi Królowej, ul. Łokietka, Hospicjum św. Łazarza, ul. Fatimska 17
w Warszawie: kościół Opatrzności Bożej na Ochocie, kościół Matki Boskiej Anielskiej na Wierzbnie, kościół Królowej Aniołów na Bemowie,
w Białymstoku: kościół Najświętszej Maryi Panny Matki Kościoła, kościół św.