W latach 1926–1928 był profesorem i bibliotekarzem Seminarium Duchownego w Pińsku. Kolejno był proboszczem Łachwy (1926–1929), Stolina (1929–1932), Mielnika (1932–1934), Śledzianowa (1934–1935), Bronisławia (1936–1937). Od sierpnia 1937 do października 1941 był administratorem parafii Tłokinia koło Kalisza. 6 października 1941 został uwięziony przez Niemców, przetrzymywany w obozie przejściowym w Konstantynowie Łódzkim, 30 października 1941 został przewieziony do obozu w Dachau (numer obozowy 28287). Stamtąd 10 sierpnia 1942 został wywieziony do zamku Hartheim, gdzie został zamordowany. Symboliczny grób księdza znajduje się na cmentarzu w Tłokini Kościelnej.

W 2017 ukazał się nakładem Państwowego Instytutu Wydawniczego tom pism ks. Henryka Kazimierowicza z dziedziny religioznawstwa, antropologii i filozofii, w wyborze i opracowaniu Przemysława Pawlaka.