Konflikt załagodził się pod prezydenturą Fidela Ramosa (1992–1998). W 1992 roku uchylono ustawę delegalizującą na Filipinach partię komunistyczną. KPF-NAL odrzuciła możliwość uczestnictwa w wyborach. W 1995 roku ruszyły negocjacje pomiędzy rządem a Narodowym Frontem Demokratycznym. W 1998 roku strony konfliktu podpisały umowę o poszanowaniu praw człowieka i międzynarodowego prawa humanitarnego, która miała ochronić cywilów przed skutkami wojny domowej.
Do wznowienia konfliktu doszło, gdy urząd prezydenta objął Joseph Estrada. W 2001 roku negocjacje z rebeliantami wznowiła prezydent Gloria Macapagal-Arroyo. Proces pokojowy zatrzymano po tym, gdy w 2002 roku Departament Stanu Stanów Zjednoczonych zaklasyfikował NAL jako organizację terrorystyczną. W ciągu kolejnych lat siły zbrojne Filipin zwiększyły częstotliwość akcji przeciwko maoistom. Benigno Aquino III, który objął prezydenturę w 2010 roku, zdecydował się na wznowienie negocjacji pokojowych. Dialog utrudniało naruszanie praw człowieka przez zwaśnione strony.