Julia Clarke i Mark Norell (2002) zauważyli, że autorzy publikujący przed opisaniem Apsaravis ukhaana wymieniali ponad 20 cech budowy szkieletu jako charakterystyczne dla Enantiornithes; z przeprowadzonej przez autorów analizy filogenetycznej (uwzględniającej Apsaravis, a z Enantiornithes uwzględniającej tylko przedstawicieli Euenantiornithes) wynikło jednak, że możliwe jest wskazanie tylko czterech cech wspierających monofiletyczny charakter Enantiornithes. Co więcej, wystarczyło wydłużenie drzewa filogenetycznego o jeden stopień w stosunku do najbardziej parsymonicznego, aby uzyskać drzewo, według którego Enantiornithes nie są monofiletyczne. Późniejsze analizy filogenetyczne potwierdzają monofiletyzm Enantiornithes; Jingmai O’Connor i Zhonghe Zhou (2013) wyróżnili 11 synapomorfii Enantiornithes, zaś Min Wang, Zhonghe Zhou i Guanghui Xu (2014) – 12. O’Connor i Zhou (2013) stwierdzili jednak, że wydłużenie uzyskanego przez nich drzewa filogenetycznego o dwa stopnie w stosunku do najbardziej parsymonicznego prowadzi do rozpadu monofiletycznych Enantiornithes i Euornithes/Ornithuromorpha.