4 września 1939 roku rozpoczęła się okupacja niemiecka w Kartuzach. W chwili wkraczania do miasta Wehrmachtu podpalona została miejscowa syngoga, a licząca 45 osób diaspora żydowska poddana eksterminacji. W czasie wojny firma Tiefbau Unternehmung Heinrich Speck wybudowała tzw. Nowe Osiedle, składające się z kilkunastu budynków przeznaczonych dla ewakuowanych z Nadrenii i Westfalii ofiar alianckich bombardowań lotniczych. Nowe budynki mieszkalne powstały wówczas również przy ul. Zamkowej i Sambora.
Walki o Kartuzy rozpoczęły się 9 marca 1945 roku. Miasto zaatakowały oddziały pancerne i piechota z 49 Armii generała pułkownika Iwana Griszyna 2 Frontu Białoruskiego Konstantego Rokosowskiego i opanowały je nazajutrz, 10 marca 1945 roku. W czasie walk poległo około 320 żołnierzy Armii Czerwonej.
1945–1989 W wyniku działań wojennych w mieście został zniszczony tylko dworzec kolejowyIzabella Trojanowska „Kartuzy i okolice” KAW 1983, ISBN 83-03-00250-3, s. 14..