18 lutego 1800 straże na brytyjskim okręcie HMS „Alexander” zasygnalizowały obecność Francuzów. Okręt rozpoczął pościg, z resztą eskadry Nelsona podążającą za nim, kiedy Keith pozostał koło Valletty. Chociaż większość francuskich okrętów umknęła brytyjskiej pogoni, jeden z transportowców został doścignięty i zmuszony do poddania się, a okręt flagowy Perrée'a „Généreux” został przechwycony przez znacznie mniejszą fregatę HMS „Success”. Podczas wymiany ognia „Success” został mocno uszkodzony, lecz dowódca konwoju kontradmirał Perrée otrzymał śmiertelną ranę. Opóźnienie spowodowane potyczką pozwoliło głównym siłom brytyjskim złapanie francuskiego okrętu, który mocno osłabiony, poddał się. Perrée zmarł krótko po zranieniu, i nic z zaopatrzenia nie dotarło na Maltę, pozostawiając oblężonych samym sobie przez następne 7 miesięcy, zanim skapitulowali 4 września 1800 roku.