W latach osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych dziewiętnastego wieku prowadził intensywną działalność wykopaliskową. W l. 1889-1890 badał wyspy Adrić, Vellia i Pago na Adriatyku. W 1891 r. podjął prace na stanowisku archeologicznym w Carnuntum. W l. 1895-1896 uczestniczył w wykopaliskach w okolicach Olbii (Krym). W latach 90. dziewiętnastego wieku podjął także współpracę z polskimi ośrodkami i instytucjami naukowymi, m.in. z krakowską Akademią Umiejętności. Od 1918 r. zasilał darami Uniwersytet Warszawski, a wreszcie w 1919 r., po blisko 40-letniej niebytności, odwiedził Warszawę. Udał się wtedy również w swoje strony rodzinneZob. m.in. tekst J. Śliwy, Józef Hilary de Lilia Nowalski (1854-1928), „Alma Mater” 2003, nr 47, s. 21.. U schyłku życia (l. 1925-6-7) natomiast prowadził badania w Tulln nad Dunajem, gdzie zorganizował również muzeum.
Zmarł po ciężkiej chorobie (nowotwór) 10 listopada 1928 r. w Hietzing pod Wiedniem. Został pochowany na tamtejszym cmentarzu. Janusz Kopciał podaje za prof. Jerzym Wielowiejskim, iż jeszcze w 1964 r. na cmentarzu wiedeńskim istniała tablica pamiątkowa poświęcona NowalskiemuJ. Kopciał, Nowalscy z Krasnego, s. 88.. mały|525x525px|Nekrolog Józefa Nowalskiego. Źródło: "Tygodnik Ilustrowany" 1928, nr 48, s.