VII - XV wiek Z Cylicji pochodził też Teodor z Tarsu. Pod względem kościelnym Cylicja przynależała do patriarchatu Antiochii, lecz te jej, położone na górzystym zachodzie, części, które nie zostały zajęte przez podboje kalifatu, zostały włączone do patriarchatu Konstantynopola. Chrześcijanie Cylicji podzielili się w V i VI w. na dominujących na zachodzie prawosławnych, którzy uznawali postanowienia soboru w Chalcedonie, oraz na (występujących głównie na wschodzie) monofizyckich jakobitów.
Arabowie zdobyli Cylicję jeszcze w VII wieku, lecz przez długi czas ich władza nad nią była chwiejna, toczyły się na jej terenie walki, a ludność w dużej mierze opuściła tak ten region, jak i cały pas pogranicza. W okresie panowania Abbasydów, Cylicja zaczęła być częścią pasa fortec, mających stanowić bazę do częstych (1–3 razy w roku, na ogół 2) najazdów na Bizancjum, a także chronić przed bizantyńskimi kontratakami. Ten ufortyfikowany region graniczny dzielił się na część zewnętrzną, w której skład wchodziła Cylicja, zwaną الثغور, trl. Aṯ-Ṯuḡūr, trb. As-Sughur oraz na część wewnętrzną zwaną العواصم, trl. Al-ʿAwāṣim, trb. Al-Awasim (z głównymi ośrodkami w Antiochii i Aleppo). Same Aṯ-Ṯuḡūr dzieliły się na syryjskie i dżezirskie, których stolicami były, odpowiednio, Tars i Melitena, czyli dzisiejsza Malatya.