Kaplice boczne Patrząc od strony wejścia do kościoła, po obu stronach nawy znajdują się kaplice boczne, cztery po lewej stronie oraz trzy po prawej. Naprzeciw czwartej kaplicy znajduje się pasaż łączący nawę z bocznym wyjściem na Triq L-Arċisqof. Z pasażu wiodą również wejścia do dwóch oratoriów. Kaplice znajdują się również w ramionach transeptu. Poza tymi ostatnimi, pozostałe kaplice i przedsionek przykryte są kopułami.
Kaplica św. Karola Boromeusza Pierwsza kaplica po lewej stronie od strony wejścia 14 grudnia 1654 oddana została pod opiekę rodzinom Dicos (Ducos), Sagnani (Sagnano) i Dorell. Ołtarz zrobiony jest z drewna i pozłacany. W mensie ołtarzowej znajdują się relikwie. W ołtarzu obraz tytularny pędzla Stefano Erardiego Św. Karol Boromeusz i ofiary dotknęte zarazą. W lunetach również prace Erardiego: Św. Karol Boromeusz z chorymi oraz Św. Franciszek Ksawery wspomagający biednych. Na środku kaplicy marmurowa płyta nagrobna Joannesa (Giovanniego) Sagnaniego z Wenecji (zm. 1690), który zapoczątkował gałąź rodziny na Malcie, oraz Don Giovanniego Battisty Sagnaniego (zm. 1740), jezuity, proboszcza w Żebbuġ. Na lewej ścianie kaplicy znajduje się duży drewniany krucyfiks, dzieło maltańskiego rzeźbiarza Alessandro (Xandru) Farrugii z Żejtun.