Pełni także funkcję delegata Biskupa Diecezjalnego do oceny ksiąg treści religijnej. 23 maja 2012 r. habilitował się na Wydziale Filozoficznym UPJPII na podstawie dorobku i pracy pt. Eksperymentalna metafizyka. Johna S. Bella filozofia mechaniki kwantowej.
Ks. Pabjan specjalizuje się w filozofii fizyki i w relacjach między nauką a wiarą. Jest bliskim współpracownikiem i kontynuatorem myśli Michała Hellera – promotora doktoratu Pabjana.
Publikacje
Książki 2007: Elementy filozofii przyrody, wraz z Michałem Hellerem, Biblos, . 2014: wznowienie, Copernicus Center Press, . 2008: Spór o przyczynową strukturę czasu, Biblos, – rozprawa doktorska na KUL. 2011: Eksperymentalna metafizyka. Johna S. Bella filozofia mechaniki kwantowej, Copernicus Center Press, – rozprawa habilitacyjna na UPJP2. 2013: Stworzenie i początek wszechświata, wraz z Michałem Hellerem, Copernicus Center Press, . 2013: The Causal Universe (red. z Michałem Hellerem i George’em Ellisem), Copernicus Center Press, – tomik po jednej z Krakowskich Konferencji Metodologicznych. 2014: Niedomknięty bilans wszechświata, Copernicus Center Press, . 2016: Anatomia konfliktu. Między nowym ateizmem a teologią nauki, Copernicus Center Press, . 2018: Świat najlepszy z możliwych?