Rodzina Jerzy Fryderyk był żonaty trzykrotnie. Pierwszą jego żoną była poślubiona 2 lipca 1592 r. Juliana Urszula (ur. w 1573), córka Fryderyka, hrabiego Salm-Neufville. Z tego związku pochodziło piętnaścioro dzieci: Katarzyna Urszula (1593–1615), żona następcy tronu Hesji-Kassel Ottona (najstarszego syna Maurycego Uczonego) Fryderyk V (1594–1659), następca ojca jako margrabia Badenii-Durlach, Anna Amalia (1595–1651), żona hrabiego Nassau-Saarbrücken Wilhelma Ludwika, Filip (1596–1597), Karol (1598–1625), Juliana Urszula (1600–1600), Rudolf (1602–1603), Krzysztof (1603–1632), zginął podczas oblężenia Ingolstadt, Anna Augusta (1604–1616), Sybilla Magdalena (1605–1644), żona hrabiego Nassau-Saarbrücken-Idstein Jana (młodszego brata Wilhelma Ludwika, który poślubił jej starszą siostrę), Franciszka (1606–1606), Urszula Maria (1607–1607), Franciszka Sybilla (1609–1609), Zofia Dorota (1610–1633), Ernestyna Zofia (1612–1658).
Juliana Urszula zmarła w 1614 r. W tym samym roku, 23 października, Jerzy Fryderyk poślubił Agatę (ur. w 1581), córkę hrabiego Erbach.