thumb|left|Kościół św. Michała w donżonie Historia Zgodnie z tradycją koptyjską, klasztor został wzniesiony w miejscu, które miało stanowić jedną z wielu lokalizacji, w których miała się zatrzymać Święta Rodzina i mieszkać przez 6 miesięcy i 10 dni po ucieczce z Palestyny podczas prześladowań Heroda Wielkiego. Do wsi El-Qusiya mieli dotrzeć drogą wodną, płynąc z Maadi do Górnego Egiptu łodzią. Tradycja stanowi, że klasztorny kościół Namaszczenia (church of al Azraq) jest wzniesiony w miejscu groty, która miała stanowić schronienie i ma być najstarszym chrześcijańskim miejscem sprawowania kultu, konsekrowanym około 60 roku. Koptowie nazywają to miejsce „Drugim Betlejem”. Bardziej pewnym jest fakt istnienia w tym miejscu wspólnoty eremickiej w IV wieku. Założenie tej wspólnoty przypisywane jest twórcy pierwszej reguły zakonnej Pachomiuszowi Starszemu (Anba Bakhum), lub jego bezpośrednim następcom. Wspólnota klasztorna kultywuje kulturę i język koptyjski. Do XIX wieku mnisi (było ich wówczas w klasztorze 190) mówili w tym języku. Współcześnie, w przeciwieństwie do innych klasztorów koptyjskich, w których liturgia sprawowana jest po arabsku, językiem liturgicznym jest język koptyjski.